10世紀初頭以来、日本には小さな野生のリンゴが存在していましたが、今日日本人がリンゴと呼んでいる果物の栽培は、1871年、明治政府によるアメリカの品種の実験栽培に始まりました。青森県、長野県、北海道、岩手県、山形県、秋田県、福島県は生産の中心地となりました。アメリカ人メソジスト派宣教師であったジョン・イング（1840-1920）は、アメリカから青森へリンゴの種を紹介するのに重要な役割を果たしました。 第2次世界大戦後、様々な他家受粉や品種改良の取り組みによって、1962年、日本の代表的なりんごの品種「ふじ」が開発されました。アメリカの2品種を交配してできたふじは、今日、アメリカで広く栽培されており、日本のリンゴが本来の故郷へ帰ったことを示しています。